Vào lúc 18:00 UTC vào ngày 8 tháng 11, Trung tâm Bão Quốc gia (NHC) bắt đầu theo dõi khu vực miền trung Caribê khi một đợt sóng nhiệt đới được dự báo là sẽ di chuyển vào khu vực này và có khả năng phát triển thành một vùng áp thấp.[7] Sau đó, làn sóng đã tiến vào Đông Caribe vào lúc 06:00 UTC vào 10 tháng 11 và di chuyển về phía Tây sang một môi trường thuận lợi hơn để phát triển.[8][9] Cuối ngày 11 tháng 11, làn sóng bắt đầu hoàn thiện hội tụ và đến 15:00 UTC vào 13 tháng 11, nó đã phát triển thành Áp thấp nhiệt đới thứ 31 ở miền nam Caribe, đánh dấu kể từ năm 2005 về việc nhiều áp thấp nhiệt đới nhất được ghi nhận trong một mùa.[9][10][11] Sáu giờ sau, hệ thống này mạnh lên thành Bão nhiệt đới Iota.[12] Sau khi bị ảnh hưởng bởi gió đứt và không khí khô, Iota bắt đầu mạnh lên nhanh chóng trên vùng nước ấm vào cuối ngày 14 tháng 11 khi đối lưu bắt đầu quấn quanh tâm bão.[13] Lúc 06:00 UTC vào 15 tháng 11, Iota đạt đến trạng thái cuồng phong, trước khi tăng cường lên trạng thái bão cấp 2 lúc 00:00 UTC vào 16 tháng 11.[14][15]

Đến 06:00 UTC vào 16 tháng 11, những người săn bão phát hiện ra rằng Iota đã trở thành một cơn bão lớn cấp 3, đánh dấu lần đầu tiên có hai cơn bão lớn được ghi nhận trong tháng 11.[16] Họ cũng phát hiện thấy sét dữ dội trong màn hình theo dõi phía tây nam của Iota cùng với mưa đá, điều cực kỳ hiếm khi xảy ra do nhiệt độ ấm áp của những cơn bão đó.[17][18][19] Chỉ 40 phút sau, lúc 06:40 UTC, Iota đã đạt đến cường độ bão cấp 4.[20] Lúc 15h00 UTC, Iota tăng cường hơn nữa và trở thành bão cấp 5 đầu tiên của mùa bão đồng thời đạt cường độ cực đại với sức gió 160 mph (260 km/h) và áp suất trung tâm tối thiểu là 917 mb (27.08 inHg).[21] Đây là ngày được ghi nhận mới nhất về cơn bão trở thành bão cấp 5 trên lưu vực Đại Tây Dương.[22] Iota cũng là cơn bão Đại Tây Dương cấp 5 thứ hai trong tháng 11 được ghi nhận. Sau khi cường độ đạt đỉnh, áp suất của Iota dao động đôi chút trước khi nó suy yếu một chút xuống thành bão cấp 4 lúc 03:00 UTC vào ngày 17 tháng 11 khi cơn bão bắt đầu đổ bộ vào đất liền.[23] Lúc 03:40 UTC, Iota đổ bộ dọc theo bờ biển đông bắc của Nicaragua, gần thị trấn Haulover, với sức gió ổn định 155 mph (250 km/h) và áp suất trung tâm là 920 mb (27,17 inHg). Vị trí đổ bộ của Iota là khoảng 15 dặm (25 km) về phía nam nơi bão Eta đổ bộ vào ngày 3 tháng 11 trước đó.[24] Điều này cũng khiến Iota trở thành cơn bão mạnh nhất trong lịch sử được ghi nhận đổ bộ vào Nicaragua trong tháng 11.[25]

Iota sau đó nhanh chóng suy yếu khi di chuyển qua địa hình miền núi ở Trung Mỹ, tụt xuống dưới mức trạng thái bão lớn lúc 09:00 UTC vào ngày 17 tháng 11 và dưới trạng thái bão lúc 18:00 UTC.[26][27] Lõi bên trong của hệ thống suy yếu đã bị phá vỡ khi nó di chuyển qua Honduras, và Iota suy yếu thành áp thấp nhiệt đới vào ngày 18 tháng 11 lúc 09:00 UTC, khi nó di chuyển vào El Salvador.[28][29] Sáu giờ sau khi hạ cấp này, trung tâm lưu thông cấp thấp của Iota tan rã và NHC đã đưa ra lời khuyến cáo cuối cùng về Iota.[30]